I geologi datano le formazioni rocciose vulcaniche al periodo Permiano, circa 280 milioni di anni fa, quando gli sconvolgimenti tettonici fratturarono il bacino del Mediterraneo. Nel XVIII secolo, i marinai genovesi avevano classificato queste acque come insidiose, segnalando Mezu Mare — l'isola più grande con i suoi sessantacinque ettari — con fari di avvertimento molto prima che la Francia erigesse il suo faro in pietra nel 1870.
Oggi l'arcipelago funge da riserva marina protetta; le sue coste rocciose ospitano rari gabbiani corsi e foche monache mediterranee che tornano ogni primavera nelle grotte sommerse sotto le scogliere occidentali. Il faro di Mezu Mare rimane operativo, con il suo raggio automatizzato che ruota a intervalli durante la notte, sebbene gli alloggi del guardiano siano ora vuoti. I botanici hanno catalogato quindici specie vegetali endemiche adattate alla salsedine e al sottile suolo vulcanico, tra cui il leccio nano e arbusti di lentisco selvatico che si aggrappano alle fessure inaccessibili alle capre.
La maggior parte delle partenze per la gita in barca alle Isole Sanguinarie avviene dal porto Tino Rossi di Ajaccio tra aprile e ottobre, quando le onde scendono sotto un metro e la visibilità si estende oltre Capo Feno. Gli operatori preferiscono i gommoni rigidi per la traversata di trenta minuti, il cui basso pescaggio consente avvicinamenti ravvicinati alle grotte marine dove il calcare incontra il granito in una collisione geologica. L'itinerario della crociera nell'arcipelago solitamente circumnaviga Mezu Mare in senso antiorario, permettendo ai passeggeri di osservare la stratigrafia a strati delle scogliere settentrionali prima di approdare al molo del faro.
Gli archeologi hanno recuperato frammenti di anfore romane da indagini subacquee condotte nel 1998, testimonianza delle antiche rotte commerciali che attraversavano questi canali quando le isole fungevano da punti di riferimento tra la Sardegna e la costa provenzale. Durante la Seconda Guerra Mondiale, le forze tedesche installarono posti di osservazione in cima al promontorio più alto; i bunker in cemento sono ancora visibili tra la macchia mediterranea. La Marina francese ha dismesso le installazioni militari nel 1962, restituendo le isole al loro isolamento precedente, interrotto solo dal traffico stagionale di barche e dal flash metronomico del faro.
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